La misión principal de los miembros de esta sección (tanto portadores como equipo de mando) es portar el paso de misterio de la forma más respetuosa y elegante posible, y con este fin, encargarse durante todo el año de preparar lo necesario tanto en el factor humano como material.

Desde el primer día que el paso de la flagelación puso pie en las calles logroñesas, su cuadrilla de portadores está compuesta únicamente por personas pertenecientes a la cofradía. De hecho, el Cristo flagelado fue el germen constitucional de la corporación, y desde entonces hasta nuestros días, como no podía ser de otra manera, todo gira en torno a Él. 

En los inicios, las primogénitas andas se soportaban sobre dos largos "varales" con almohadillas que los portadores cargaban al hombro ayudados por las tradicionales "horquillas" (unos bastones de madera con forma de "U" en la parte superior), las cuales cumplían dos funciones: golpear el suelo para marcar el paso izquierdo al caminar, y reposar el peso durante las paradas. Posteriormente se realizó una estructura metálica interna sobre la que el peso se apoyaba en los descansos. Las "horquillas" fueron sustituidas por "hachones" con el fin de conservar el característico sonido al caminar. Las órdenes para levantar, arriar o cambiar de ritmo las daban los "cabos de varas" desde la delantera del paso golpeando con mazos de madera en las puntas de los "varales", desde dónde además también trataban de frenar la fuerte inercia del empuje.

Desde 2016 el paso de la flagelación se porta desde el interior, cuenta con ocho trabajaderas en las que hasta 40 portadores con "molía jerezana", cargan sobre la cervix. Este sistema además de ser menos lesivo que la carga al hombro debido a que el peso se reparte de forma homogénea, permite una mayor vistosidad exterior en el caminar del misterio ya que facilita la ejecución de maniobras coreografiadas al unísono.

Debajo del canasto todos los puestos van precisamente tallados, dependiendo de la altura de cada persona en particular se añaden los calces necesarios para igualar cada una de las ocho trabajaderas, éstas a su vez son también regulables por unidad. La ubicación de los hermanos recibe diferentes nombres según su posición, por ejemplo: los portadores que van en las cuatro esquinas reciben el nombre de "pateros", los seis que completan cada uno de los costeros (izquierdo y derecho) se denominan "fijadores" y el resto de puestos: "corrientes". También existe la figura del "vocero" que es el encargado de indicar los cambios de paso al compás de la música, independientemente del lugar que ocupe.

Fuera del paso se sitúa el equipo de mando, en las dos esquinas traseras se posicionan los "contraguías", encargados éstos de indicar a sus "pateros" la corrección del rumbo, para que empujen desde dentro hacia uno u otro lado en caso de ser necesario. En la delantera del paso veremos al capataz apoyado por los auxiliares, ellos son los responsables de mandar en todo lo que sucede (levantar y bajar, girar, acortar o alargar el paso...). Además son los encargados de fijar el calendario de ensayos y coordinar todas las actividades en las que participe como tal la sección.

La sección de portadores, además de por las Reglas de la Cofradía, se rige por una Normativa interna que ahonda en algunos asuntos precisos relacionados a su función, preparación y desarrollo.

La Banda de la Flagelación de Jesús se funda en el seno de la Cofradía en el año 1970, en los inicios de la formación, ésta se componía básicamente de instrumentos de percusión que a marcha lenta acompañaban a su Sagrado Titular en las salidas procesionales de Martes Santo y Viernes Santo. 

A partir de los años noventa, se desarrolló un nuevo estilo importado en origen de la tradición aragonesa, incluyendo ritmos de percusión más elaborados que fueron evolucionado y aumentando en número. En aquella década, también incluyó su sección de viento compuesta de cornetas que interpretaba toques militares adoptados de la extinta Banda de la Cruz Roja de Logroño. 

La banda comienza a participar en otras procesiones de su ciudad, así como en numerosos pueblos y ciudades durante la Semana Santa en los días que no sale el Señor de la Flagelación. En los primeros años del nuevo milenio comienzan a coger auge en La Rioja y comunidades limítrofes, los encuentros y exaltaciones de bandas cofrades. En las cuales, la participación de esta banda es notable. Esto hace que se compongan nuevos ritmos de percusión más complejos y se eleve el nivel de los músicos. 

En 2010 la Cofradía de la Flagelación organiza en Logroño el primer Certamen Nacional de Bandas que se mantiene anualmente hasta la fecha. Desde aquel año se contempla la idea de evolucionar la sección de viento incluyendo nuevos instrumentos que permitiesen la incorporación de marchas procesionales, proceso que continúa a día de hoy. Este hecho abre las puertas a una gran renovación de repertorio, la banda comienza a ofrecer conciertos y a desfilar en la retaguardia del paso en las procesiones, lo que ha sido germen de cierta evolución incluso en la forma de portar el mismo, desde 2016 "a molía" (por debajo de las andas).

Otra singularidad respecto a formaciones similares de nuestro entorno es que la cofradía siguiendo las recomendaciones de las Autoridades Diocesanas, tomó la decisión en 2014 de que los miembros de su banda solamente utilizasen el hábito cuando participen en procesiones penitenciales. Ese es el motivo por el cual podemos ver a los músicos vestidos de uniforme en el resto de los numerosos actos sin carácter penitencial en los que participan.

En 2020, con motivo de su cincuenta aniversario, la banda estrena su banderín actual.

La banda, además de por las Reglas de la Cofradía, se rige por una Normativa interna que ahonda en algunos asuntos precisos relacionados a su función, preparación y desarrollo.

El cuerpo de nazarenos está compuesto por los Hermanos y Hermanas que forman parte del cortejo procesional ataviados con el Hábito Penitencial en cualquiera de los tramos organizados en la misma, bien desfilando como infantil, en filas de adulto, o portando los diferentes atributos de la Cofradía.​

Ya en el siglo XVI había cortejos de cofrades que procesionaban acompañando a los pasos. El nombre de "nazareno" les es dado porque es el gentilicio del pueblo de Galilea, actual Israel, donde Jesús pasó la mayor parte de su vida, según el canon de la Biblia. Aunque Jesús nació en Belén, Judea, y pasó un breve tiempo de su infancia en Egipto, muy pronto se instaló con su padre José y su madre María en la pequeña localidad de Nazaret. Según la tradición cristiana, vivió en Nazaret trabajando en la carpintería de José hasta que empezó como predicador itinerante a la edad de treinta años. Hay que diferenciar al nazareno (con minúsculas) del Nazareno (con mayúsculas). El primero es el cofrade y el segundo es el apodo que se pone a las imágenes de Jesús con la cruz al hombro.